Program Studi Pendidikan Ekonomi diselenggarakan berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia  Nomor : 360/E/0/2014 tentang Izin Penyelenggaraan Program-Program Studi Baru Pada Universitas Negeri Yogyakarta di Yogyakarta, tanggal 27 Agustus 2014. Program Studi Pendidikan Ekonomi pada awalnya berasal dari Program Studi Pendidikan Ilmu Pengetahuan Sosial (PIPS) konsentrasi Ekonomi yang dimulai tahun akademik 2012/2013. Dengan adanya SK Mendikbud Nomor : 360/E/0/2014, maka Program Studi PIPS Konsentrasi Ekonomi  menjadi Program Studi Pendidikan Ekonomi. 

Profil Lulusan

Profil lulusan Program Studi S-2 Pendidikan Ekonomi diharapkan menghasilkan tenaga :

1. Pendidik atau dosen yang memiliki keahlian dalam merancang, mengelola, dan mengevaluasi program-program keilmuan dan pembelajaran dalam bidang pendidikan ekonomi;
2. Peneliti yang profesional  bidang keilmuan  dan pembelajaran dalam bidang pendidikan ekonomi;
3. Pengembang kebijakan  yang ahli dalam bidang keilmuan   dan pembelajaran  bidang pendidikan ekonomi.